Le CDC des Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis a lancé un consortium pour lancer un réseau national de laboratoires de séquençage qui accélérera la diffusion des données de séquence du SRAS-CoV-2 dans le domaine public. La publication rapide de données de séquence de coronavirus ouvertes aidera à guider la réponse de santé publique du COVID-19, à stimuler l'innovation et la découverte et à faire progresser la compréhension de cette pandémie et des pandémies futures.
Ce consortium de séquençage du SRAS-CoV-2 pour les interventions d'urgence en santé publique, l'épidémiologie et la surveillance (SPHERES), qui étendra considérablement l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) du virus COVID-19. SPHERES fournira des données de séquence cohérentes et en temps réel aux équipes d'intervention en santé publique enquêtant sur les cas et les grappes de COVID-19 à travers le pays.
Ce nouveau consortium les aidera à mieux comprendre comment le virus se propage, à la fois au niveau national et dans leurs communautés locales. De meilleures données, à leur tour, aideront les responsables de la santé publique à interrompre les chaînes de transmission, à prévenir de nouveaux cas de maladie et à protéger et sauver des vies.
«Les États-Unis sont le leader mondial du séquençage rapide avancé du génome. Cet effort coordonné entre nos laboratoires de santé publique publics, privés, cliniques et universitaires jouera un rôle essentiel dans la compréhension de la transmission, de l'évolution et du traitement du SRAS-CoV-2. Je suis convaincu que nos esprits les plus fins et les plus compétents travaillent ensemble pour nous aider à sauver des vies aujourd'hui et demain », a déclaré le directeur du CDC, Robert Redfield, M.D.
Suivi du virus COVID-19 à mesure qu'il évolue
Les données sur les séquences génomiques peuvent donner un aperçu sans précédent de la biologie du SRAS-CoV-2, le virus qui cause COVID-19, et aider à définir le paysage changeant de la pandémie. En séquençant les virus à travers les États-Unis, les CDC et d'autres autorités de santé publique peuvent surveiller les changements importants dans le virus et utiliser ces informations pour guider la recherche des contacts, les efforts d'atténuation de la santé publique et les stratégies de contrôle des infections.
Le consortium SPHERES est un effort ambitieux pour coordonner le séquençage du génome du SRAS-CoV-2 à l'échelle nationale, en organisant des dizaines d'efforts individuels plus petits en un seul réseau distribué de laboratoires, d'institutions et de sociétés. Le consortium combine l'expertise, la technologie et les ressources de 40 départements de santé publique étatiques et locaux, de plusieurs grands laboratoires cliniques et de plus de deux douzaines d'établissements collaborateurs au sein du gouvernement fédéral, du monde universitaire et du secteur privé.
SPHERES établira les meilleures pratiques et des normes de données consensuelles, accélérera le partage ouvert des données et établira un pool de ressources et d'expertise pour aider à apporter des technologies de pointe à la réponse nationale COVID-19.
Données SPHERES ouvertes, partagées
Les membres du consortium partagent un engagement à partager rapidement des séquences ouvertes. Ils prévoient de soumettre toutes les données de séquence utiles dans des référentiels publics du Centre national d'information sur les biotechnologies de la Bibliothèque nationale de médecine (NLM / NCBI), de l'Initiative mondiale pour le partage des données sur l'influenza aviaire (GISAID) et d'autres référentiels de séquences publics. Cela contribuera à garantir que les données de séquence virale de l'ensemble des États-Unis soient rapidement disponibles pour la prise de décision en matière de santé publique et librement accessibles aux chercheurs du monde entier.
Les membres du consortium comprennent:
Agences et laboratoires fédéraux
Centers for Disease Control and Prevention, Office of Advanced Molecular Detections
Laboratoire national d'Argonne
Agence de la santé de la défense, Global Infectious Maladie Surveillance
Administration des aliments et drogues
Laboratoire national Lawrence Berkeley
Laboratoire national de Los Alamos
Institut national des allergies et des maladies infectieuses, Office de génomique et des technologies avancées
Institut national des normes et de la technologie
Centre national d'information sur la biotechnologie de la Bibliothèque nationale de médecine
Institut de recherche de l'armée Walter Reed
Laboratoires d'État / locaux de santé publique
Arizona
Californie
Delaware
District de Colombie
Floride
Hawaii
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
Caroline du Nord
Dakota du nord
Nevada
Nouveau Mexique
New York
Utah
Virginie
Washington
Wisconsin
Wyoming
Institutions académique
Université Baylor
L'Université de Cornell
Centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson
École de médecine du mont Sinaï
L'Université de New York
Université d'Arizona du Nord
Université de Buffalo
Université de Californie, Berkeley
Université de Californie, Davis
Université de Californie, Irvine
Université de Californie, Los Angeles
Université de Californie, San Francisco
Université de Californie, Santa Cruz
Université de Chicago
Université du Maryland
Université du Minnesota
Université du Nebraska
Université du Nouveau-Mexique
Université de Washington
Université de Yale
Les sociétés
Abbott Diagnostics
bioMerieux
Génomique des couleurs
Gingko Bioworks
IDbyDNA
In-Q-Tel
LabCorp
Un Codex
Oxford Nanopore Technologies
Pacific Biosciences
Qiagen
Diagnostics de quête
Verily Life Sciences
Les noms des sociétés sont fournis à titre informatif uniquement, et leur inclusion ici ne constitue pas une approbation des sociétés ou de leurs produits ou services commerciaux par les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.
Instituts de recherche ou de santé publique à but non lucratif
Association des laboratoires de santé publique
Fondation Bill et Melinda Gates
Broad Institute
Chan Zuckerberg BioHub
Institut Craig Venter
Alliance de santé publique pour l'épidémiologie génomique
Recherche Scripps
Le laboratoire Jackson
Institut de recherche en génomique translationnelle – Nord
Fondation Walder
Au cours des six dernières années, le programme du CDC Office of Advanced Molecular Detection a investi dans des laboratoires de santé publique fédéraux et d'État pour étendre l'utilisation de la génomique des agents pathogènes et d'autres technologies de laboratoire avancées pour la surveillance des maladies infectieuses et la riposte aux flambées. L'investissement actuel du consortium vise à sauver des vies dans la pandémie de SRAS-CoV-2 et à préparer les États-Unis et le monde à une future riposte à la pandémie.
Pour en savoir plus sur le séquençage génomique ou les travaux du CDC sur la détection moléculaire avancée, visitez https://www.cdc.gov/amd/
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