Du 21 janvier au 23 février 2020, les agences de santé publique ont détecté 14 cas américains de coronavirus 2019 (COVID-19), tous liés à des voyages en provenance de Chine (1,2). Le premier cas américain non lié au voyage a été confirmé le 26 février chez un résident californien tombé malade le 13 février (3). Deux jours plus tard, le 28 février, un deuxième cas non lié au voyage a été confirmé dans l'État de Washington (4,5). L'examen de quatre sources de données donne un aperçu du moment de l'introduction et de la transmission précoce du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, aux États-Unis avant la détection de ces deux cas.
Premièrement, la surveillance syndromique basée sur les dossiers des services d'urgence des comtés touchés tôt par la pandémie n'a pas montré d'augmentation des visites pour une maladie de type COVID-19 avant le 28 février. Deuxièmement, des tests rétrospectifs du SRAS-CoV-2 d'environ 11 000 échantillons respiratoires de plusieurs Les sites américains commençant le 1er janvier n'ont identifié aucun résultat positif avant le 20 février. Troisièmement, l'analyse des séquences d'ARN viral des premiers cas a suggéré qu'une seule lignée de virus importée directement ou indirectement de Chine a commencé à circuler aux États-Unis entre le 18 janvier et le 9 février, suivie par plusieurs importations de SRAS-CoV-2 en provenance d'Europe.
Enfin, la survenue de trois cas, un chez un résident de Californie décédé le 6 février, un deuxième chez un autre résident du même comté décédé le 17 février et un troisième chez un passager ou membre d'équipage non identifié à bord d'un navire de croisière du Pacifique qui est parti San Francisco, le 11 février, confirme la circulation cryptique du virus début février. Ces données indiquent qu'une transmission communautaire soutenue avait commencé avant la détection des deux premiers cas américains non liés au voyage, résultant probablement de l'importation d'une seule lignée de virus en provenance de Chine fin janvier ou début février, suivie de plusieurs importations en provenance d'Europe. L'émergence généralisée de COVID-19 aux États-Unis après février souligne l'importance de solides systèmes de santé publique pour répondre rapidement aux menaces infectieuses émergentes.
Surveillance syndromique
Dans le cadre du National Syndromic Surveillance Program, les agences de santé publique américaines reçoivent des données en temps réel des services d'urgence dans environ 4000 établissements de santé dans 47 États américains et le district de Columbia. Dans 14 comtés avec des cas précoces de COVID-19 acquis dans la communauté, aucune augmentation substantielle n'a été observée dans la proportion de maladies de type COVID-19 (fièvre et toux ou essoufflement ou difficulté à respirer, ou inscription d'un code de diagnostic de coronavirus) avant le 28 février.
Surveillance de l'infection aiguë par le SRAS-CoV-2 L'étude de la grippe de Seattle (5) a commencé à surveiller les maladies respiratoires aiguës dans la région métropolitaine de Seattle en novembre 2018. Fin février 2020, l'étude a commencé à tester des échantillons par transcription inverse – amplification en chaîne par polymérase (RT- PCR) pour le SARS-CoV-2. Le premier résultat de laboratoire positif pour le SRAS-CoV-2 a été détecté le 28 février à partir d'un échantillon prélevé le 24 février. Après cette détection, les échantillons désidentifiés collectés plus tôt ont été testés rétrospectivement pour le virus. Il n'y a eu aucun résultat positif parmi 5270 échantillons respiratoires prélevés du 1er janvier au 20 février (5) (T.Bedford, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, Washington, communication personnelle, 6 mai 2020). Le premier spécimen qui s'est révélé positif parmi ces spécimens testés rétrospectivement a été prélevé le 21 février. Au cours de la semaine commençant le 21 février, huit des 1255 spécimens (0,6%) se sont révélés positifs, et au cours de la semaine suivante, 29 des 1862 (1,6%) spécimens testés positif. Deux réseaux d'étude de l'efficacité du vaccin antigrippal avec des sites dans six États (Michigan, Pennsylvanie, Tennessee, Texas, Washington et Wisconsin) ont testé rétrospectivement des échantillons respiratoires de patients atteints d'une maladie respiratoire aiguë pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR. Sur le site de Washington, aucun des 497 spécimens collectés du 19 janvier au 24 février n'a été testé positif; le premier spécimen testé positif a été prélevé le 25 février. Sur les cinq autres sites (Ann Arbor et Detroit, Michigan; Pittsburgh, Pennsylvanie; Temple, Texas; Marshfield, Wisconsin; et Nashville, Tennessee), aucun des 2620 échantillons prélevés en janvier Du 19 au 29 février, le test SARS-CoV-2 a été testé positif. Au 22 mai 2020, quatre (<0,2%) d'environ 3000 échantillons prélevés auprès d'enfants et d'adolescents âgés de moins de 18 ans inscrits au New Vaccine Surveillance Network † du 1er janvier au 31 mars se sont révélés positifs pour le SRAS-CoV-2. Le premier résultat positif provenait d'un spécimen prélevé le 20 mars à Seattle.
Analyse phylogénétique
L'analyse de la diversité génomique du SRAS-CoV-2 des premiers cas de COVID-19 de la région de Seattle a révélé que la plupart des virus appartenaient à un seul clade (le clade de l'État de Washington), dont le plus récent ancêtre commun aurait existé entre environ 18 janvier et 9 février (estimation ponctuelle = 1er février) .§ La séquence génomique prévue de ce virus progéniteur était conforme à celle du premier cas américain de COVID-19 importé, survenu chez un homme arrivé à Seattle en provenance de Wuhan, en Chine. , le 15 janvier et est tombé malade 4 jours plus tard. Cependant, il est également possible que le clade de l'État de Washington provienne d'un virus avec une séquence similaire ou identique d'une autre personne infectée par le SRAS-CoV-2. L'analyse des virus en Californie et dans le nord-est des États-Unis de février à la mi-mars a suggéré qu'il y avait eu plusieurs importations de virus, principalement d'Europe, suivies d'une transmission de virus aux États-Unis.
Cas connus de personnes sans antécédents de voyage pertinents
Avant le 26 février Deux cas notables de COVID-19 se sont produits dans le comté de Santa Clara, en Californie: l'un chez une femme tombée malade le 31 janvier et décédée le 6 février et l'autre chez un homme sans lien de parenté décédé à la maison entre le 13 et le 17 février. avaient voyagé à l'étranger dans les semaines précédant leur mort. L'ARN du SRAS-CoV-2 a été détecté par test RT-PCR au CDC à partir d'échantillons de tissus post-mortem de ces patients. Ces décès ont été certifiés par un médecin légiste comme des décès associés au COVID-19. L'enquête sur ces cas est en cours. Des éclosions de COVID-19 se sont produites au cours de deux voyages consécutifs d'un navire de croisière Grand Princess (7). La séquence génomique des virus de ces épidémies était dans le clade de l'État de Washington, suggérant qu'un passager ou un membre d'équipage infecté par ce virus était à bord du navire lorsqu'il a quitté le port de San Francisco le 11 février pour une croisière aller-retour. L'identité de cette personne est inconnue. Discussion Les informations provenant de ces diverses sources de données suggèrent qu'une transmission communautaire limitée du SRAS-CoV-2 aux États-Unis s'est produite entre la seconde moitié de janvier et le début de février, à la suite d'une importation de SARS-CoV-2 de Chine. Cette importation a initié une lignée, le clade de l'État de Washington, qui s'est ensuite propagée dans la région métropolitaine de Seattle et peut-être ailleurs. Plusieurs importations de SRAS-CoV-2 d'Europe ont suivi en février et mars. On ne sait pas combien d'infections aux États-Unis se sont produites en février et en mars, mais l'incidence globale de la maladie avant le 28 février était trop faible pour être détectée par les données de surveillance syndromique des services d'urgence. Les dates d'entrée des virus importés aux États-Unis et l'identité des personnes qui les ont portées sont également inconnues. Une première source possible est le premier cas de COVID-19 signalé aux États-Unis, survenu chez un homme de Washington qui est tombé malade le 19 janvier après son retour de Wuhan, en Chine, le 15 janvier; la séquence génomique du virus isolé de cet homme est cohérente avec le fait qu'il soit la source possible du clade de l'État de Washington, bien que la minutie de l'enquête de contact sur ce cas et l'absence de cas secondaires identifiés le contredisent (8). Cependant, des rapports publiés subséquemment ont indiqué que l'infection par le SRAS-CoV-2 est souvent asymptomatique et que la transmission peut se produire avant l'apparition des symptômes (9). La possibilité d'une transmission présymptomatique soulève au moins trois autres scénarios potentiels impliquant ce cas: 1) qu'une ou plusieurs infections asymptomatiques secondaires pourraient s'être produites parmi les contacts du patient et que celles-ci ont conduit à une propagation non détectée du virus; 2) que l'homme aurait pu avoir des contacts infectés avant le début de ses symptômes (ces contacts n'auraient pas été identifiés par l'enquête de contact standard recommandée à ce moment); ou 3) que lui et au moins une autre personne ont été infectés par un autre passager sur le même vol en provenance de Wuhan, et que la propagation non détectée des autres personnes infectées a donné naissance au clade de l'État de Washington. Le cas échéant, lequel de ces scénarios s'est produit ne sera probablement jamais connu. Il est également possible, étant donné la diversité phylogénétique mondiale limitée du SRAS-CoV-2 à l'époque, que le clade de l'État de Washington ait été importé aux États-Unis par une autre personne inconnue à la même époque. Les résultats des tests sérologiques ne sont pas présentés ici, car la sérologie (c.-à-d. Les tests de détection d'anticorps anti-SRAS-CoV-2) est probablement un moyen relativement insensible de détecter un virus nouvellement émergent, en particulier lorsque les échantillons ont été prélevés au hasard plutôt qu'à partir de les personnes les plus susceptibles d'être infectées (contrairement, par exemple, aux tests viraux des patients ambulatoires ou hospitalisés atteints d'une maladie respiratoire aiguë) et parce que les tests sérologiques ne s'approchent généralement pas de la spécificité à 100% à moins qu'une certaine forme de test de confirmation ne soit disponible. Par exemple, une enquête sérologique hypothétique dans la région métropolitaine de Seattle (population de 3,5 millions d'habitants) menée après les 3 500 premières infections trouverait une véritable séroprévalence de 0,1%, tandis que l'utilisation d'un test avec une spécificité de 99% devrait produire des faux positifs en 10 fois plus d'échantillons. Les enquêtes sérologiques, néanmoins, sont utiles pour suivre les progrès de la pandémie une fois établie et ont l'avantage potentiel de détecter toutes les infections, quel que soit le profil des symptômes. Les résultats de ce rapport sont soumis à au moins trois limitations. Premièrement, les données présentées ici sont rétrospectives. Bien qu'ils soient géographiquement divers, ils ne peuvent pas fournir une image aussi définitive de la transmission que celle qui serait disponible si des tests étendus avaient été immédiatement disponibles après la découverte du virus. Deuxièmement, certaines des études citées et peut-être d'autres continuent de tester des échantillons rétrospectivement et pourraient trouver des cas plus anciens que ceux présentés dans ce rapport. Enfin, l'homogénéité phylogénétique relative du SRAS-CoV-2 à l'échelle mondiale en janvier et au début de février a limité ce qui pouvait être déduit de l'analyse génomique. Peu de pays ont évité l'importation et la propagation soutenue de COVID-19. Aux États-Unis, le SARS-CoV-2 circule désormais largement après plusieurs importations en provenance de Chine, d'Europe et d'ailleurs. Des mesures sont en cours dans l'ensemble du système de santé publique des États-Unis pour améliorer les indicateurs de l'activité du SRAS-CoV-2, notamment en élargissant la surveillance syndromique dans les services d'urgence et en augmentant la disponibilité des tests de dépistage du SRAS-CoV-2. Étant donné la probabilité que la plupart de la population américaine soit toujours sensible, des efforts soutenus pour ralentir la propagation du virus sont cruciaux, y compris la recherche de contacts efficace et des interventions non pharmaceutiques, telles que la distance physique et le contrôle des sources (c'est-à-dire le port de couvre-visage en tissu).
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